Não.

As despesas com o PAT - Programa de Alimentação do Trabalhador não integram a folha de salários para fins de cálculo do Fator R no Simples Nacional, mesmo que sejam observados os requisitos legais do programa. 

Fundamentação técnica e legal:

1) Conceito de Fator R

O Fator R é calculado pela razão entre a folha de salários (incluindo pró-labore e encargos) e a receita bruta dos últimos 12 meses, conforme:

Lei Complementar nº 123/2006, art. 18, §§ 5-J e 5-K;

Resolução CGSN nº 140/2018, art. 26, §§ 1º e 2º.

A norma vincula o conceito de folha de salários à remuneração tributada para fins previdenciários.

2) Natureza jurídica do PAT

Os valores concedidos a título de alimentação no âmbito do PAT:

não têm natureza salarial;

não integram a remuneração do empregado;

não sofrem incidência de INSS, FGTS ou IRRF, desde que atendidos os requisitos legais.

Bases:

Lei nº 6.321/1976 (Lei do PAT);

Decreto nº 10.854/2021, arts. 172 a 180;

Lei nº 8.212/1991, art. 28, § 9º, "c" (exclusão da base de cálculo das contribuições previdenciárias).

3) Reflexo no Fator R

Como o PAT não compõe remuneração nem base previdenciária, não integra a folha de salários considerada no Fator R. Trata-se de benefício e não remuneração por trabalho. 

Conclusões: 

PAT não entra no numerador do Fator R;

Apenas salários (incluindo pagamento de férias e 13º salário), pró-labore e encargos incidentes (contribuição previdenciária e FGTS) compõem a folha para esse cálculo;

A inclusão indevida do PAT inflaria artificialmente o Fator R, em desacordo com a legislação. 

Observação importante: 

Caso a empresa não esteja regularmente inscrita no PAT ou descumpra as regras do programa (ex.: pagamento em dinheiro), o benefício pode ser descaracterizado e, nesse cenário, passaria a integrar a remuneração, com reflexos previdenciários - o que alteraria o Fator R.

Fonte: Portal Tributáario